Do reżyserowania filmu przymierzani byli James Cameron, Tim Burton, Joe Johnston, a także Paul Verhoeven. Najbliżej reżyserii był Jan de Bont, jednak wytwórnia nie zaakceptowała budżetu filmu, sięgającego 150 milionów dolarów.
Ted Elliott i Terry Rossio zostali wymienieni jako autorzy scenariusza, mimo że przestali brać udział w jego tworzeniu, gdy do filmu zaangażowano Rolanda Emmericha jako reżysera.
Propozycję wcielenia się w postać Audrey Timmonds odrzuciła Sarah Jessica Parker. Pod uwagę do roli brane były również Jennifer Aniston, Parker Posey i Renee Zellweger.
Kroki stawiane przez Godzillę powodują podskakiwanie samochodów, jednak stojący obok piesi nie podskakują wcale.
Rozmiary Godzilli w porównaniu do drapaczy chmur zmieniają się nieustannie przez cały film.
Na początku filmu widać zniszczony szczyt budynku Chryslera w Nowym Jorku. Jednak gdy później widać ujęcie Madison Square Garden po ataku powietrznym, budynek Chryslera jest nietknięty.
Na początku filmu widać podskakujące samochody, gdy przechodzi Godzilla. Jednak później w filmie, gdy potwór przechodzi, samochody przestają podskakiwać.
Gdy Victor wychodzi z baru, widać hydrant, z którego tryska woda. Gdy chwilę później ładuje on taśmę filmową do kamery, hydrantu już nie ma.
Długość przystani na której rybak łowi ryby zmienia się między ujęciami, gdy Godzilla atakuje Nowy Jork.
Pod koniec filmu widać mikrofony pod mokrymi koszulami aktorów.
W początkowej scenie wybuchu jądrowego, słychać odgłos eksplozji w tej samej chwili, w której widać wybuch, mimo iż obserwator znajduje się bardzo daleko.
W scenie pościgu taksówki reklama na dachu pojazdu raz jest podświetlona, a w innym ujęciu już nie. Poza tym w niektórych ujęciach reklama wydaje się być mocno przyczepiona do taksówki, a w niektórych jest wyraźnie obluzowana.
W scenie gdy taksówka jest w szczękach Godzilli, pozycja pojazdu zmienia się między ujęciami.
Gdy w jednej ze scen Philippe odjeżdża, w karoserii jego auta widać odbicie członka ekipy filmowej.
Gdy Godzilla przechodzi przez most brooklyński pękają kable podtrzymujące ten most, jednak sam obiekt nie zawala się, choć powinien.
Pułkownik Hicks zwraca się z początku do Rodgersa: "kapitanie", ale później mówi do niego: "poruczniku".
Gdy Godzilla wskakuje do wody tuż przed atakiem łodzi podwodnych, nie powstaje po jej skoku żadna fala, co jest mało prawdopodobne, biorąc pod uwagę masę i rozmiar potwora.
Gdy myśliwce niszczą Madison Square Garden, dowódca wystrzeliwuje dwie ze swoich czterech rakiet. Jednak podczas następnego ataku już na Godzillę, dowódca ponownie ma w myśliwcu cztery rakiety.
W scenie gdy Godzilla ma taksówkę w pysku, tylna szyba samochodu jest cała, ale we wcześniejszych scenach była uszkodzona.
Gdy Nick i Francuzi wsiadają do vana by wrócić do miasta, w bocznych szybach auta widać kamerzystę.
Gdy Godzilla zbliża się do studia wiadomości, widać, że w redakcji trzęsą się lampy. Jednak gdy potwór jest tuż za oknami redakcji i idzie dalej w tym samym tempie, lampy się nie ruszają.
Biorąc pod uwagę głębokość i szerokość rzeki Hudson, niemożliwe jest, by wielki okręt podwodny klasy Los Angeles mógł płynąć tędy całkowicie pod wodą i wykonywać szybkie zwroty.
Gdy Niko jest w taksówce i pyta się Philippe'a dokąd ten go zabiera, jego słowa nie pasują do ruchu warg, gdy Niko mówi "Let me go!" (Puść mnie!).
Gdy Niko rozmawia z doktor Elsie Chapman podczas jazdy jeepem w Panamie, widać, że cała scena rozmowy była kręcona na krótkim odcinku drogi. Kilka razy podczas ujęć pojawia się w tle to samo bardzo wysokie, iglaste drzewo.
Część filmu nakręcona została w Los Angeles, a to z powodu ograniczenia, jakie dostała ekipa na realizację zdjęć w Nowym Jorku - filmowcy dostali pozwolenie na kręcenie w godzinach od 20:00 do 6:00.
Zdjęcia do filmu zrealizowano w Jersey City (New Jersey, USA), Nowym Jorku (Nowy Jork, USA), Culver City, Universal City i Santa Clarita (Kalifornia, USA) oraz na Kauai i w Ka'a'awa (Hawaje, USA).
Film zadedykowany został japońskiemu twórcy Godzilli - Tomoyuki Tanace.
Do zbudowania dekoracji na planie zużyto 35 ton stali, tysiąc bloków styropianu, 2,5 miliona galonów wody do stworzenia sztucznego deszczu, 16 taksówek, które odziwo posłużyły w filmie za jedną, oraz taką ilość farby, która wystarczyłaby do zmiany koloru całego mostu Golden Gate w San Francisco.
Francuskie próby nuklearne z czołówki filmu, to tak naprawdę oryginalny materiał z archiwum, przedstawiający na Wyspach Marshalla amerykańskie wybuchy jądrowe.
Ujęcie, w którym błyskawica zostaje przechwycona przez piorunochron na World Trade Center to autentyczny film, a w dodatku jedyny, który zarejestrował takie zjawisko.
Wysypana na ulicy góra ryb, w rzeczywistości była pusta w środku. Składała się z rozciągniętej na stelażu folii, do której przyczepiono 2000 gumowych atrap ryb.
Końcówka filmu ukazująca jajo, z którego wychodzi jedyne ocalałe z pożogi dziecko Godzilli, miała być otwartą furtką do planowanych dwóch kolejnych części filmu. Niestety wyniki kasowe, które okazały się znacznie niższe od przewidywanych, przekreśliły szanse na sequele.
Bombowce F-18, dokonujące nalotu na Madison Square Garden, były modelami, które ekipa Volkera Engela wykorzystała już przy "Dniu Niepodległości".
Japoński statek do połowów ryb, zaatakowany przez Godzillę, był kilkumetrowej długości modelem, ustawionym na zanurzonej w wodzie hydraulicznej platformie, zdolnej w ciągu 6 sekund obrócić model o 90 stopni.
Ślady jaszczura, widoczne z helikopterowego ujęcia, są nałożone cyfrowo. Widok Manhattanu z lotu ptaka został uzupełniony o cyfrowy deszcz.
6 maja 1997, gdy ekipa kręciła zdjęcia w Jersey City, prace nad filmem przerwało tornado. Ekipie filmowej udało się sfilmować ten kataklizm.
Na planie zużyto ilość drewna wystarczającą do zbudowania 50 domów.
W pierwotnej wersji scenariusza, która miał być wierniejsza wcześniejszym filmom o Godzilli, potwór miał się zmierzyć ze zmieniającą kształty istotą o nazwie Gryphon. Scenariusz zmieniono po sukcesie "Dnia Niepodległości", gdyż wytwórnia Tristar chciała stworzyć własny film katastroficzny, mogący z nim konkurować.
Początkowo Godzilla wcale nie miała zionąć ogniem z paszczy, jednak zmieniono to pod presją fanów.
Roland Emmerich przyznał, że nie podobały mu się poprzednie filmy o Godzilli. Na reżyserię zgodził się tylko dlatego, że obiecano mu wolną rękę w tworzeniu filmu.
Projektantem nowej Godzilli był Patrick Tatopoulos, który inspirację czerpał z iguany żyjącej w jego domu. Do tego dołożył nos i uszy psa, szczękę tygrysa z disney'owskiej "Księgi dżungli", oraz ludzkie ramiona i dłonie. Jedynym poleceniem od reżysera dla Tatopoulosa było takie zaprojektowanie potwora, by mógł on bardzo szybko biegać.
Kolor Godzilli był tak dobrany, by potwór mógł z łatwością wtapiać się w miejski krajobraz i kolorystykę Nowego Jorku.
Okres zdjęciowy trwał od 1 maja do 26 września 1997 roku.